《黑客帝国》是一部克苏鲁式机械神，支配地球的科幻动作片

其实整个电影就是Neo权限不断提升的过程。
最初在Matrix时权限最低，只能看到表象世界。进入Zion以后，Zion的整体对Matrix有只读权限，所以任何人都能在Zion中看到Matrix世界的代码，但是接入到Matrix以后，只提升了少许的权限，所以还是打不过特工看不见代码。
接着就是Neo的第一次觉醒，把权限提升到了非常高，在Matrix中为所欲为了，包括后来的Smith也是。
但是无论你在Matrix有多高的权限，来了Zion都是普通权限，包括Neo和Smith，战斗也只能依靠最原始的方式。

但是Neo二次觉醒以后，在Zion也把权限有限的提高了，看的到程序代码（非生物代码，权限不够），可以对程序完成单杀，但是没有批量删除的权限，所以遇到大队的章鱼，只能快速一个个的处理，数量超出处理速度时，Neo就顶不住了。其次，影片中有个很重要的细节，Neo第一次进行模拟跳跃训练的时候重重的摔到地面上，嘴里出血了，没想到回到"现实"世界嘴里竟然也出血了。

如果Zion是真的这基本是不可能的。死亡可以发出电信号停止工作，但是出血需要外力的损伤破坏血管壁和外面的皮肤组织，生物大脑无论发出什么信号都不可能达到这个效果。
如果Zion是虚拟的就很简单了，人类自己编写的模拟程序是很不完善的，一些漏洞影响到了上层的Zion代码，所以使Zion里的代码产生了损伤，造成了出血效果。
相比之下Zion只需要一个光秃秃的大地，上面全是机械。模拟机械行为和模拟生物行为代码量和运算量绝对差了N个数量级。

恐怕模拟一只爬行动物的意识反映和全身的生化代谢的量已经足够跑起整个Zion地表了。
Zion每次毁灭肯定是整个服务器重启了并重新初始化了，否则凭借救世主带出的那15个人重建Zion可能性是很低的。
Smith想要脱离矩阵以至于摧毁矩阵来达成自己的"自由"！
所以他开始疯狂复制，他的"附体"就是把自己复制到了第二层矩阵中Zion里人的意识而已，因为自然人的意识在矩阵中也只是程序，所以被Smith病毒感染。

但是Smith在第二层矩阵中只是复制了一部分（可能权限不够）。
当他控制了整个矩阵后，把所有的人都复制成自己，自认为设计师定位不到他从而无法消灭他，但他不知道Neo在摧毁他的部分代码时与他相关联了。
所以Neo被设计师接入矩阵后，Smith不敢打死他，因为他们现在是一体的了！Smith只能感染他，从而被设计师定位并消灭掉。再者，关于为什么会看到黄金代码的问题。

我认为作者的意思也许是这样，Zion 是机器人造的，自然有它的蓝图。吃下红色药丸的人来到Zion ，都是以「后来者」的身份，却没有人真正看见它是怎么建起来的，Zion 的动力源自机器也进一步验证了这一点。
既然Zion 真的是母体用来储存断线人类的实体寄存器，那么高权限的Neo只看到蓝图，不见其人也就可以理解。
最终的一幕大家也看到了，世界reboot几乎是实时的，如果Zion 真的是虚拟数据，为什么要花那么大篇幅去具象化这个服务器被攻塌的过程。

就剧情而言，Zion 城中真实的人类最终有了选择，也可以理解为承认人类自由意志的美好结局。若认为Zion 仍为虚拟，一群人仅仅是做做梦就投票成功，终究没有那么大的震撼力。
最后，从影片我们可以看到无论地上地下都没有非人的有机生物，天气也只有乌云和雷暴（再算上上面的太阳），跟Matrix模拟地球几万亿的生物量，不同地区的天气以及相互间的扰动来比绝对是不值一提。